De meeste afwijkende uitstrijkjes worden veroorzaakt door het Humaan PapillomaVirus (HPV). HPV is een virus dat heel veel voorkomt, minstens 80% van de mensen heeft ooit in haar of zijn leven een besmetting met HPV in het genitale gebied. Bij de meeste mensen is dit virus na 12-14 maanden weer verdwenen. Bij de vrouwen waarbij het virus niet verdwijnt kunnen er door het HPV, afwijkende cellen in de baarmoederhals ontstaan. Deze afwijkende cellen worden dan in een uitstrijkje gezien, hetgeen dan het afwijkende uitstrijkje oplevert. HPV is erg besmettelijk en seksueel overdraagbaar. Mensen met wisselende seksuele contacten lopen dus meer risico op het oplopen van een HPV infectie. Op jonge leeftijd heb je vaker wisselende contacten, gelukkig hebben jongeren een beter afweersysteem waardoor zij een grotere kans hebben om het virus weer zelf op te ruimen.
Afwijkende uitstrijkjes zijn dus niet erfelijk en ontstaan ook niet door stress.
Het bevolkingsonderzoek op baarmoederhalskanker start pas op het 30e levensjaar, reden hiervoor is dat veel van de afwijkende uitstrijkjes op jonge leeftijd weer normaal worden zonder behandeling. Er is een groot risico op overbehandeling als jonge vrouwen ook regelmatig zouden worden uitgestreken. Dit betekent ook, dat als er om wat voor reden dan ook, bij een jonge vrouw een uitstrijkje wordt gemaakt, de beoordeling van wel of niet behandelen goed moet worden afgewogen, anders vindt er te vaak een behandeling plaats die niet nodig is. Het afweersysteem lijkt minder goed te werken als mensen roken.
Afwijkende uitstrijkjes die niet door HPV worden veroorzaakt, zijn meestal lichte afwijkingen, die uit zichzelf herstellen. Bij de licht afwijkende uitstrijkjes wordt vaak bij herhaling van het uitstrijkje ook een HPV-test verricht, indien deze test negatief is, HPV is dus niet aanwezig, dan kan er ook geen ernstige afwijking ontstaan. Is de test positief, het HPV is wel aanwezig dan is door verwijzing naar een gynaecoloog ook nodig.