Vrouwen met ernstig afwijkende uitstrijkjes moeten altijd behandeld worden en dit gebeurt al vaak voordat er biopten worden genomen of een curettage is verricht. De vooraf kans is dan zo hoog, dat als het colposcopisch beeld overeenkomt met de ernst van de uitstrijk, biopten nemen niet nodig is. In de Roosevelt kliniek in Leiden wordt dan meteen, als de vrouw dat wil, een lisexcisie verricht.
De uitslagen van de biopten en de curettage worden meestal ingedeeld in de zogenaamde CIN classificatie. CIN 1 is een lichte afwijking en hoeft niet behandeld te worden. In principe worden CIN 2 en CIN 3 behandeld. Echter bij een jonge vrouw met een kleine CIN 2, is het vaak verstandig om niet te behandelen maar te vervolgen door middel van het maken van uitstrijkjes. CIN afwijkingen zijn geen kanker maar een voorstadium van baarmoederhalskanker. Het duurt meestal nog jaren voordat een CIN 3 baarmoederhalskanker wordt.
De meest uitgevoerde behandeling en ook de eerste keus als het kan, is een lisexcisie. Hierbij wordt op de polikliniek, met behulp van een ijzerdraadje, de lis, een plakje van de baarmoedermond gesneden.
Hiervoor wordt plaatselijke verdoving in de baarmoedermond gespoten, deze prikken zijn te voelen maar niet erg pijnlijk. Na de verdoving is de behandeling niet pijnlijk, hooguit kan er wat warmte in de vagina worden gevoeld. Na het verwijderen van het plakje wordt het wondoppervlak pijnloos dichtgeschroeid. Hierna kan de vrouw zonder problemen de polikliniek direct verlaten, de napijn is meestal niet meer dan wat krampen, vergelijkbaar met menstruatiekrampen. De eerste 2 weken kan er wat afscheiding zijn en is tampongebruik en penetratie verboden, omdat er daardoor een bloeding kan ontstaan.
Het afgenomen weefsel wordt naar het laboratorium gestuurd waarbij meestal wordt meegedeeld welke graad CIN er aanwezig was.
In een enkel geval kan het nodig zijn om een conus (=kegel) uit de baarmoedermond te snijden een zogenaamde exconisatie. Deze ingreep moet op een operatiekamer onder algehele narcose of ruggeprik plaats vinden.